По состоянию на 31 декабря 2012 г. ОАО «Газпром нефть» и дочерние общества обладали правами на пользование недрами на 74 лицензионных участках, расположенных в девяти регионах Российской Федерации. За пределами Российской Федерации, на территории Сербии, Румынии и Республики Сербской (Босния и Герцеговина), дочернее предприятие NIS имеет 69 решений (аналог лицензий).

По видам деятельности 12 лицензий дают право геологического изучения недр в течение пятилетнего срока и 62 лицензии дают право на разведку и добычу углеводородов на срок от 20 до 50 лет.

Правами на пользование недрами обладают 15 дочерних обществ, однако управление лицензиями осуществляется компаниями-операторами: ОАО «Газпромнефть-Ноябрьскнефтегаз», ООО «Газпромнефть-Хантос», ООО «Газпромнефть-Восток», ООО «Газпромнефть-Ангара», ЗАО «Газпром нефть Оренбург».

ОАО «Газпромнефть-Ноябрьскнефтегаз» осуществляет полный цикл операций с углеводородами на 41 лицензионном участке, принадлежащем четырем недропользователям.

В 2012 г. лицензионная комиссия Федерального агентства по недропользованию рассмотрела и одобрила дополнения по 19 лицензиям недропользователей Компании: по 13 участкам продлены сроки действия лицензий и этапов геологического изучения, по 6 участкам актуализированы условия лицензионных соглашений.

ОАО «НГК «Славнефть» и его дочерние общества владеют лицен­зиями на поиск, разведку и добычу нефти и газа на 31 лицензионном участке на территории Западной Сибири и Красноярского края.

ОАО «Томскнефть» ВНК принадлежит 33 лицензии на разработку более 40 нефтегазовых месторождений на территории Томской области и Ханты-Мансийского автономного округа — Югры. Лицензии переоформлены на ОАО «Томскнефть» ВНК в 2009 г.

ЗАО «Мессояханефтегаз» владеет 2 лицензиями на геологическое изучение, разведку и добычу в ЯНАО.

Дочерние общества ОАО «НК «Магма» и ЗАО «Сибирская геологическая компания» владеют 2 лицензиями на разведку и разработку участков недр, 6 лицензиями на геологическое изучение расположенных на территории ХМАО-Югры Южного, Ореховского месторождений и Колтогорских поисковых участков недр. Кроме того, Группа «Газпром нефть» имеет 50 % долю в СП Salym Petroleum Development, которому принадлежат 3 лицензии на доразведку и разработку Салымской группы нефтяных месторождений, также расположенных в ХМАО-Югре.

ООО «СеверЭнергия» в составе компании ОАО «Арктикгаз» владеет 2 лицензиями на геологическое изучение, разведку и добычу углеводородного сырья и 2 лицензиями на разведку и добычу углеводородного сырья. Все лицензионные участки расположены на территории ЯНАО (Самбургский, Ево-Яхинский, Яро-Яхинский и Северо-Часельский участки).

ЗАО «Газпром нефть Оренбург» владеет лицензией на осуществление разработки и добычи углеводородного сырья Восточного участка Оренбургского НГКМ в Оренбургской области.

ОАО «Южуралнефтегаз» владеет лицензией на Капитоновское месторождение.

ЗАО «Центр наукоемких технологий» принадлежит лицензия на разведку и добычу углеводородного сырья на Царичанском месторождении и лицензия на геологическое изучение Царичанского поискового участка недр.

ООО «Живой исток» принадлежит 2 лицензии на разведку и добычу углеводородного сырья на Балейкинском месторождении и лицензия на геологическое изучение Уранской площади.

ООО «Газпром нефть Новый Порт» владеет лицензией на добычу нефти, газа и конденсата в пределах Новопортовского месторождения.